La question reste par conséquent entière de savoir quelle est la nature de ce "je" qui pense ou encore de connaître, comme l'écrit Descartes, "ce que je suis, moi qui suis certain que je suis". Passer du "je" au "moi", c'est faire du sujet une substance, c'est en tout cas engager implicitement l'hypothèse de l'identité et de la permanence du sujet pensant à travers la diversité de ses représentations. Aussi variées que soient mes pensées, "il est de soi si évident que c'est moi qui doute, qui entends et qui désire, qu'il n'est pas ici besion de rien ajouter pour l'expliquer". Que cette évidence puisse avoir lieu avant d'avoir atteint une certitude concernant les corps et le monde extérieur en général, dont l'existence reste une question toujours en suspens, conduit Descartes à faire du sujet une substance pensante séparée du corps. C'est, du même coup, introduire un dualisme entre l'âme et le corps et, avec lui, la redoutable question de leur union.